倪申文 | 抗體專(zhuān)利審查：以CDR序列定義權力要求范疇的深度思慮

2022年*月21日-2*日，由知產(chǎn)前沿新媒體舉辦的“第七屆中國醫藥常識產(chǎn)權峰會(huì )圓滿(mǎn)完畢”在蘇州召開(kāi)，本次大會(huì )吸引了線(xiàn)上與線(xiàn)下近800位醫藥IP人士參與，現場(chǎng)交換互動(dòng)強烈熱鬧。

在2*日的大會(huì )上，錦天城律師事務(wù)所律師、專(zhuān)利代辦署理師倪申文為本次大會(huì )帶來(lái)“抗體專(zhuān)利審查：以CDR序列定義權力要求范疇的深度思慮”的相關(guān)概念分享。

知產(chǎn)前沿現將倪律師的現場(chǎng)主題發(fā)言?xún)热菡沓晌?，供醫藥常識產(chǎn)權從業(yè)人員參考進(jìn)修。

如需購置第七屆中國醫藥常識產(chǎn)權峰會(huì )曲播回憶，請后臺私信“CPIPS 2022”

目錄

一、CDR是若何確定的?

二、差別的CDR定義計劃及其比照

三、權力要求明白CDR定義計劃

四、單一的CDR定義計劃的思慮

五、枚舉“所有”定義計劃的CDR序列？

六、CDR序列的開(kāi)放式vs封鎖式限制

七、給定可變區的CDR序列確定

八、編號計劃vs定義計劃？

一、CDR是若何確定的?

1**0年，Kabat將**個(gè)輕鏈序列停止比對，闡發(fā)每個(gè)氨基酸編號位置的變革率，識別出*個(gè)高變區，稱(chēng)之為互補決定區（Complementarity Determining Regions,CDRs)，1***年，第一個(gè)Fab片段的X射線(xiàn)晶體構造解析出來(lái)，顯示那些高變區大致上對應于Fab構造上的環(huán)（loops）。1***年，Kabat為免疫球卵白可變區提出一種尺度化的編號規則（Kabat Numbering）并以固定的編號定義了CDR（Kabat Definition）。1*86，Chothia提出Chothia Numbering和CDR的Chothia Definition計劃，后續其他計劃如IMGT,AbM,Contact等陸續提出。

但是那些計劃都是預測性的計劃，與現實(shí)解析出來(lái)的卵白量的晶體構造計劃其實(shí)不完全吻合。所有的CDR無(wú)論是以什么樣的體例去定義，都是理論預測，并不是現實(shí)連系位置。下圖紅色部門(mén)是定義得到的，針對輕鏈和重鏈有兩種差別的定義體例，能夠看到定義出來(lái)的計劃和實(shí)在存在的環(huán)是有不同的，對重鏈Chothia定義也僅僅是和現實(shí)愈加吻合，因為其自己操縱了已經(jīng)解析出來(lái)的晶體構造來(lái)預測其CDR，數據越多，成果也相對更準確一些，但是沒(méi)有任何一種能夠完美婚配實(shí)在構造。

二、差別的CDR定義計劃及其比照

以五種差別CDR體例為例，枚舉輕鏈的*個(gè)CDR和重鏈的*個(gè)CDR上的序列不同。能夠看到輕鏈大范疇是不異的，重鏈第二個(gè)CDR上，差別的定義體例定義出的CDR沒(méi)有一個(gè)是完全不異的，那就招致重鏈CDR的定義的極度異量性。

以Keytruda?VH為例，能夠看到在以差別的定義體例定義重鏈的*個(gè)CDR時(shí)，各個(gè)CDR之間重合的部門(mén)現實(shí)上是比力少的，第一個(gè)CDR僅有兩個(gè)是共享的，第二個(gè)有6個(gè)共享，其他均不不異，第三個(gè)CDR可能略微多一些。

三、權力要求明白CDR定義計劃

在撰寫(xiě)抗體權力要求時(shí)，我們凡是會(huì )做出如下表述體例的撰寫(xiě)：抗XX抗原的抗體或其抗原連系片段，包羅輕鏈可變區和重鏈可變區，所述輕鏈可變區包羅xxCDR，所述重鏈可變區包羅xxCDR，再去定義每個(gè)CDR的序列是什么。如許的撰寫(xiě)未明白CDR定義體例，通過(guò)什么樣的定義體例來(lái)得出是未知的，也僅利用了單一的CDR定義體例，而且接納封鎖式的CDR序列體例來(lái)表達。

權力要求能否必需給出CDR定義計劃呢？針對那個(gè)問(wèn)題有兩種概念：一方認為能夠不給出CDR定義計劃，在按照現有可用的CDR定義計劃之一確實(shí)能夠得到與權力要求中的一套CDR完全不異的CDR組合前提下，CDR基于可變區來(lái)確定，關(guān)于給定的可變區序列，差別預測辦法能夠別離獨一地確定其CDR，由申明書(shū)及現有手藝能夠確定權力要求中的CDR是以何種定義計劃來(lái)定義的。但是那種情況下若是接納任何一種計劃都沒(méi)法子得到和已有權力要求中列舉的一個(gè)CDR不異的組合，就很可能遭到量疑。另一種概念認為應當給出CDR定義計劃，其理由是貧乏CDR定義計劃時(shí)權力要求不清晰，申明書(shū)固然能夠解釋權力要求，但不克不及用來(lái)定義權力要求，也貧乏確定的侵權比敵手段，無(wú)法確定能否落入權力要求庇護范疇，如解釋為不限CDR定義計劃，則無(wú)法得到申明書(shū)撐持。

相對來(lái)看，第一種愈加合理。通過(guò)以創(chuàng )造名稱(chēng)里有抗體，權力要求里有CDR的檢索體例來(lái)查找中國現有的專(zhuān)利共計44**項，再進(jìn)一步限制在獨立權力要求里同時(shí)用了CDR和至少一種CDR定義體例，發(fā)現只要22*項，占比約*%，再限制受權專(zhuān)利的話(huà)，就僅有**項了。能夠看到無(wú)論是專(zhuān)利申請仍是受權專(zhuān)利，僅十分小的比例（*%）在獨權中限制CDR的定義計劃，能否包羅CDR定義計劃似乎完全不影響專(zhuān)利局的審查決定，專(zhuān)利局在受權時(shí)也不要求明白CDR定義計劃。

四、單一的CDR定義計劃的思慮

若是把一個(gè)定義計劃定義在權力要求里時(shí)，如許的單一CDR定義計劃意味著(zhù)在和可能侵權的序列比對時(shí)，只能通過(guò)那一個(gè)單一CDR定義計劃去比對，因為其實(shí)不能從一個(gè)定義計劃推導至另必然義計劃。以Kabat定義計劃為例，意味著(zhù)若是以Kabat定義計劃定義時(shí)，那么CDR中的任何一個(gè)氨基酸改動(dòng)就能夠饒過(guò)Kabat定義計劃，而現實(shí)上可能會(huì )落入其他定義計劃。此外長(cháng)CDR序列很可能招致庇護范疇縮小，例如Kabat VH CDR2。但是那其實(shí)不意味著(zhù)接納最短的Chothia定義計劃時(shí)庇護范疇范疇就更大，因為CDR定義計劃是預測計劃，不是實(shí)在世界，在沒(méi)有晶體衍射等數據的情況下，無(wú)法曉得哪個(gè)殘基是核心殘基，最短的CDR紛歧定就包羅核心殘基，通過(guò)晶體衍射察看到核心殘基時(shí)，選擇包羅該殘基的最短定義體例可能是一種適宜的選擇。

五、枚舉“所有”定義計劃的CDR序列？

枚舉所有定義計劃的CDR序列是一個(gè)選擇，考慮人源化過(guò)程中取CDR并集的撐持性問(wèn)題，如許也能夠列出良多定義計劃的組合，差別定義計劃界定出的庇護范疇差別，就能夠供給可供選擇的多種比照體例，可以顯著(zhù)增加躲避侵權的難度。但是也會(huì )產(chǎn)生良多問(wèn)題，CDR定義體例是不竭更新的，若是后續有新的CDR定義體例，那么可能籠蓋新的定義計劃。

如斯把可變區的序列枚舉出來(lái)，陳說(shuō)申明所要庇護的抗體CDR和已經(jīng)做出來(lái)的抗體的CDR是一樣的，表白序列是以何種體例定義。如許的定義計劃不限詳細定義計劃，能夠是多項定義計劃，也能夠籠蓋將來(lái)CDR定義計劃，同樣撐持申明書(shū)自定義CDR計劃，如許的計劃CDR來(lái)源于創(chuàng )造抗體但范疇又不限于創(chuàng )造抗體。

六、CDR序列的開(kāi)放式vs封鎖式限制

那要分紅兩種情況來(lái)看：（1）若是在權力要求里限制了定義計劃，開(kāi)放式表述得不到撐持，因為詳細定義計劃限制出的CDR序列殘基數量固定，不會(huì )在兩頭加殘基，此時(shí)封鎖式表述是準確的表達體例。（2）若是未限制定義計劃，開(kāi)放式表述使得無(wú)法獨一地確認詳細的定義計劃，例如Chothia重鏈CDR定義被完好包羅在IMGT，此時(shí)就無(wú)法確定序列是由哪種計劃定義，此時(shí)封鎖式表述能夠獨一地確認詳細的定義計劃。

七、給定可變區的CDR序列確定

以（申請日200*.2.1*；決定日201*.11.10）的某復審案例為例，給出輕鏈可變區序列能否能夠獨一確定CDR區？能夠獨一確定的理由是必需要限制定義計劃，但若是未限制詳細的CDR定義計劃，則不克不及獨一地確定該CDR組合（但本案決定看似不是基于此做出）。其決定理由種認為現有手藝公開(kāi)確定CDR的多種原則，無(wú)法預見(jiàn)關(guān)于詳細的創(chuàng )造應該采納哪些原則，從而也無(wú)法間接、毫無(wú)疑義地認定CDR區，現實(shí)上是對CDR確定的曲解。

八、編號計劃vs定義計劃？

已有的受權案例中良多都對編號計劃和定義計劃的性量有所曲解。例如下列兩個(gè)案例：

受權案例1——

權力要求1.可以與人法式性滅亡配體1(PD-L1)連系的別離的抗體分子，其包羅：重鏈可變區(VH)和輕鏈可變區(VL)，基于Kabat編號系統，所述重鏈可變區包羅SEQIDNO:1的VH互補決定區(CDR)1氨基酸序列；SEQIDNO:2的VHCDR2氨基酸序列；和SEQIDNO:*的VHCDR*氨基酸序列；所述輕鏈可變區包羅SEQIDNO:*的VLCDR1氨基酸序列、SEQIDNO:10的VLCDR2氨基酸序列和SEQIDNO:11的VLCDR*氨基酸序列。

受權案例2——

權力要求1.一種抗-pSer41*tau抗體，包羅：(A)可變重(VH)構造域，其包羅：由SEQIDNO:86的氨基酸序列構成的vhCDR1；由SEQIDNO:11*的氨基酸序列構成的vhCDR2；和由SEQIDNO:88的氨基酸序列構成的vhCDR*；和(B)可變輕(VL)構造域，其包羅：由SEQIDNO:*1…的氨基酸序列構成的vlCDR1；由SEQIDNO:82的氨基酸序列構成的vlCDR2；和由SEQIDNO:8*的氨基酸序列構成的vlCDR*；此中CDR序列按照Kabat編號系統定義。

編號計劃是對特定的氨基酸可變區有差別的編號體例，Chothia、Kabat、IMGT等別離具有本身的編號系統，針對一段序列中的特定氨基酸殘基，其在差別編號系統中的號碼經(jīng)常紛歧致，那是因為差別編號系統的編號辦法紛歧致形成的。但是，CDR定義計劃不隨編號辦法的變革而變革，針對差別編號辦法編號的一段序列，給定的CDR定義計劃能夠識別出不異的一段序列殘基做為CDR。

再以Keytruda? VH為例，選定CDR的Kabat定義計劃，以差別的編號系統對序列編號時(shí)，能夠發(fā)現CDR的序列是不會(huì )改動(dòng)的。

編號僅僅是編號氨基酸的位置，所以當用輕鏈或者重鏈定義CDR時(shí)，能夠表白CDR是在輕鏈或重鏈的哪一號位，好比CDR-L1：SEQ ID NO：1*0的殘基24-*4位、CDR-L2：SEQ ID NO：1*0的殘基*0-*6等，因為差別的位置限制出的CDR是紛歧樣的，此時(shí)定義編號計劃時(shí)才氣讓對方領(lǐng)會(huì )定義的是哪個(gè)氨基酸殘基。別的面臨位置的突變，接納如受權案例2中此中所述代替的FR氨基酸殘基按照Kabat編號為Ser*1Phe代替的體例能夠定義位置。

做者：倪申文

編纂：Sharon